| コード | 銘柄 | 廃止日 | 区分 | 廃止理由 |
| 9736 | 白青舎 | 2016年1月21日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 9870 | ハナテン | 2016年1月21日 | 東証2部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 2006 | 東福製粉 | 2016年1月25日 | 東証2部 | 流通株式時価総額が所要額未満 |
| 9317 | オーナミ | 2016年1月27日 | 東証2部 | 日立造船の完全子会社化 |
| 9638 | 情報技術開発 | 2016年2月2日 | JQスタンダード | 株式の併合 |
| 7415 | 新星堂 | 2016年2月18日 | JQスタンダード | ワンダーコーポレーションに合併 |
| 3251 | 駐車場綜合研究所 | 2016年2月22日 | マザーズ | 株式等売渡請求による取得 |
| 3331 | 雑貨屋ブルドッグ | 2016年2月25日 | JQスタンダード | アクサスホールディングスの完全子会社化 |
| 2658 | ウライ | 2016年2月25日 | JQスタンダード | 株式の併合 |
| 3325 | ケンコーコム | 2016年3月9日 | マザーズ | 株式等売渡請求による取得 |
| 2450 | 一休 | 2016年3月14日 | 東証1部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 6878 | 長野日本無線 | 2016年3月17日 | 東証2部 | 日本無線の完全子会社化 |
| 2284 | 伊藤ハム | 2016年3月29日 | 東証1部 | 伊藤ハム米久ホールディングスの完全子会社化 |
| 6375 | 日本コンベヤ | 2016年3月29日 | 東証1部 | ＮＣホールディングスの完全子会社化 |
| 8332 | 横浜銀行 | 2016年3月29日 | 東証1部 | コンコルディア・フィナンシャルグループの完全子会社化 |
| 8536 | 東日本銀行 | 2016年3月29日 | 東証1部 | コンコルディア・フィナンシャルグループの完全子会社化 |
| 2290 | 米久 | 2016年3月29日 | 東証1部 | 伊藤ハム米久ホールディングスの完全子会社化 |
| 7243 | シロキ工業 | 2016年3月29日 | 東証1部 | アイシン精機の完全子会社化 |
| 7714 | モリテックス | 2016年4月25日 | 東証1部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 6801 | 東光 | 2016年4月26日 | 東証1部 | 村田製作所の完全子会社化 |
| 3170 | アイセイ薬局 | 2016年5月2日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 6476 | 富士テクニカ宮津 | 2016年5月23日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 6593 | ローヤル電機 | 2016年5月27日 | JQスタンダード | 小田原エンジニアリングの完全子会社化 |
| 9892 | 卑弥呼 | 2016年6月16日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 1405 | サーラ住宅 | 2016年6月28日 | 東証2部 | サーラコーポレーションの完全子会社化 |
| 5448 | 東京鋼鐵 | 2016年7月14日 | JQスタンダード | 株式の併合 |
| 3828 | ニフティ | 2016年7月19日 | 東証2部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 6891 | イーター電機工業 | 2016年7月25日 | JQスタンダード | 債務超過 |
| 7262 | ダイハツ工業 | 2016年7月27日 | 東証1部 | トヨタ自動車の完全子会社化 |
| 6974 | 日本インター | 2016年7月27日 | 東証2部 | 京セラに合併 |
| 5234 | デイ・シイ | 2016年7月27日 | 東証1部 | 太平洋セメントの完全子会社化 |
| 6259 | 大崎エンジニアリング | 2016年8月1日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 8073 | ＭＡＧねっとホールディングス | 2016年8月1日 | JQスタンダード | 債務超過 |
| 2817 | ギャバン | 2016年8月5日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 3785 | エイティング | 2016年8月8日 | マザーズ | コロプラの完全子会社化 |
| 2786 | サッポロドラッグストアー | 2016年8月10日 | 東証1部 | サツドラホールディングスの完全子会社化 |
| 9748 | エヌジェーケー | 2016年8月22日 | 東証2部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 3147 | リックコーポレーション | 2016年8月29日 | JQスタンダード | ダイユー・リックホールディングスの完全子会社化 |
| 2662 | ダイユーエイト | 2016年8月29日 | 東証1部 | ダイユー・リックホールディングスの完全子会社化 |
| 8710 | シティグループ・インク | 2016年8月29日 | 第1部（外国株） | 申請による上場廃止 |
| 8270 | ユニーグループ・ホールディングス | 2016年8月29日 | 東証1部 | ファミリーマートに合併 |
| 5398 | 日本研紙 | 2016年9月26日 | 東証2部 | 株式の併合 |
| 7835 | ウィズ | 2016年9月27日 | JQスタンダード | 株式の併合 |
| 8327 | 西日本シティ銀行 | 2016年9月28日 | 東証1部 | 西日本フィナンシャルホールディングスの完全子会社化 |
| 4281 | デジタル・アドバタイジング・コンソーシアム | 2016年9月28日 | JQスタンダード | D.A.コンソーシアムホールディングスの完全子会社化 |
| 2132 | アイレップ | 2016年3月25日 | 東証2部 | D.A.コンソーシアムホールディングスの完全子会社化 |
| 8333 | 常陽銀行 | 2016年9月28日 | 東証1部 | めぶきフィナンシャルグループの完全子会社化 |
| 2369 | メディビックグループ | 2016年10月6日 | マザーズ | 売上高が所要額未満 |
| 9680 | 共成レンテム | 2016年10月14日 | 東証2部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 5196 | 鬼怒川ゴム工業 | 2016年10月21日 | 東証1部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 8248 | ニッセンホールディングス | 2016年10月27日 | 東証1部 | セブン＆アイ・ネットメディア（非上場）の完全子会社化 |
| 6075 | フォトクリエイト | 2016年10月31日 | マザーズ | 株式等売渡請求による取得 |
| 9898 | サハダイヤモンド | 2016年11月1日 | JQスタンダード | 株価が10円未満 |
| 3043 | モジュレ | 2016年11月1日 | JQグロース | 有価証券報告書提出遅延 |
| 2710 | シーエスロジネット | 2016年11月4日 | JQスタンダード | 株式等売渡請求による取得 |
| 4201 | 日本合成化学工業 | 2016年11月9日 | 東証1部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 3398 | クスリのアオキ | 2016年11月16日 | 東証1部 | クスリのアオキホールディングスの完全子会社化 |
| 4589 | アキュセラ・インク | 2016年11月28日 | マザーズ（外国株） | アキュセラ・ノースアメリカ・インク（非上場）に合併 |
| 2128 | ノバレーゼ | 2016年11月28日 | 東証1部 | 株式等売渡請求による取得 |
| 9855 | くろがねや | 2016年11月28日 | 東証2部 | ＤＣＭホールディングスの完全子会社化 |
| 4850 | ザ・ダウ・ケミカル・カンパニー | 2016年12月8日 | 第1部（外国株） | 申請による上場廃止 |
| 9608 | 福山コンサルタント | 2016年12月28日 | JQスタンダード | ＦＣホールディングスの完全子会社化 |
| 9607 | ＡＯＩ Ｐｒｏ． | 2016年12月28日 | 東証1部 | AOI TYO Holdingsの完全子会社化 |
| 4358 | ティー・ワイ・オー | 2016年3月25日 | 東証1部 | AOI TYO Holdingsの完全子会社化 |
| 6661 | オプテックス・エフエー | 2016年12月28日 | JQスタンダード | オプテックスグループの完全子会社化 |
| 4007 | 日本化成 | 2016年12月28日 | 東証1部 | 三菱化学（非上場）の完全子会社化 |
| 3394 | ネットワークバリューコンポネンツ | 2016年12月28日 | 東証2部 | 新日鉄住金ソリューションズの完全子会社化 |