| コード | 銘柄 | 廃止日 | 区分 | 廃止理由 |
| 8426 | ニッシン債権回収 | 2013年1月15日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 7311 | カワムラサイクル | 2013年3月26日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 8907 | フージャースコーポレーション | 2013年3月27日 | 東証1部 | フージャースホールディングスの完全子会社化 |
| 3893 | 日本製紙グループ本社 | 2013年3月27日 | 東証1部 | 日本製紙に合併 |
| 1816 | 安藤建設 | 2013年8月11日 | 東証1部 | 安藤・間に合併 |
| 6790 | 野田スクリーン | 2013年4月24日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 9961 | エムオーテック | 2013年5月8日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 3783 | ナノ・メディア | 2013年5月8日 | マザーズ | Ｏａｋ キャピタルの完全子会社化 |
| 3629 | クロス・マーケティング | 2013年5月29日 | マザーズ | クロス・マーケティンググループの完全子会社化 |
| 6885 | ミヤチテクノス | 2013年6月18日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 4724 | ウェアハウス | 2013年6月18日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 6842 | ユニパルス | 2013年6月18日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 8833 | 東宝不動産 | 2013年6月15日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 5812 | 日立電線 | 2013年6月26日 | 東証1部 | 日立金属に合併 |
| 3235 | トラストパーク | 2013年6月26日 | マザーズ | トラストホールディングスの完全子会社化 |
| 2572 | 三国コカ・コーラボトリング | 2013年6月26日 | 東証1部 | コカ・コーライーストジャパンの完全子会社化 |
| 9822 | クロニクル | 2013年7月17日 | JQスタンダード | 四半期報告書提出遅延 |
| 8512 | 大阪証券金融 | 2013年7月17日 | 東証1部 | 日本証券金融に合併 |
| 3060 | アムスク | 2013年7月17日 | JQスタンダード | 株式の全部取得 |
| 3060 | マガシーク | 2013年7月17日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 7535 | グッドマン | 2013年7月23日 | JQスタンダード | 株式の全部取得 |
| 4835 | インデックス | 2013年7月28日 | JQスタンダード | 民事再生手続き |
| 8738 | ひまわりホールディングス | 2013年7月29日 | JQスタンダード | 株式の全部取得 |
| 7622 | さかい | 2013年7月29日 | JQスタンダード | ジー・テイストに合併 |
| 7474 | ジー・ネットワークス | 2013年7月29日 | 東証2部 | ジー・テイストに合併 |
| 6900 | 東京電波 | 2013年7月29日 | 東証1部 | 村田製作所の完全子会社化 |
| 住友鋼管 | 2013年7月29日 | 東証1部 | 新日鐵住金の完全子会社化 | |
| 5390 | 宇部マテリアルズ | 2013年7月29日 | 東証2部 | 宇部興産の完全子会社化 |
| 4614 | トウペ | 2013年7月29日 | 東証1部 | 日本ゼオンの完全子会社化 |
| 3037 | スタイライフ | 2013年7月29日 | JQグロース | 株式の全部取得 |
| 1875 | 青木マリーン | 2013年7月29日 | 東証2部 | 青木あすなろ建設の完全子会社化 |
| 4817 | ジュピターテレコム | 2013年7月30日 | JQスタンダード | 株式の全部取得 |
| 7541 | メガネトップ | 2013年8月23日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 2684 | ジパング | 2013年9月11日 | JQスタンダード | 不適当な合併等 |
| 3644 | １ｓｔホールディングス | 2013年9月13日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 9378 | ワールド・ロジ | 2013年9月14日 | JQスタンダード | 破産手続き |
| 9430 | MXモバイリング | 2013年9月17日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 9938 | 住金物産 | 2013年9月26日 | 東証1部 | 日鉄住金物産に合併 |
| 8879 | 東急リバブル | 2013年9月26日 | 東証1部 | 東急不動産ホールディングスの完全子会社化 |
| 8815 | 東急不動産 | 2013年9月26日 | 東証1部 | 東急不動産ホールディングスの完全子会社化 |
| 8415 | 紀陽ホールディングス | 2013年9月26日 | 東証1部 | 紀陽銀行に合併 |
| 7756 | 日本電産コパル | 2013年9月26日 | 東証1部 | 日本電産の完全子会社化 |
| 7728 | 日本電産トーソク | 2013年9月26日 | 東証1部 | 日本電産の完全子会社化 |
| 7233 | 自動車部品工業 | 2013年9月26日 | 東証2部 | ＩＪＴテクノロジーホールディングスの完全子会社化 |
| 5738 | 住友軽金属工業 | 2013年9月26日 | 東証1部 | ＵＡＣＪに合併 |
| 5641 | ＴＤＦ | 2013年9月26日 | 東証2部 | ＩＪＴテクノロジーホールディングスの完全子会社化 |
| 5605 | アイメタルテクノロジー | 2013年9月26日 | 東証2部 | ＩＪＴテクノロジーホールディングスの完全子会社化 |
| 4711 | 東急コミュニティー | 2013年9月26日 | 東証1部 | 東急不動産ホールディングスの完全子会社化 |
| 4271 | 日本カーリット | 2013年9月26日 | 東証1部 | カーリットホールディングスの完全子会社化 |
| 3620 | デジタルハーツ | 2013年9月26日 | 東証1部 | ハーツユナイテッドグループの完全子会社化 |
| 4340 | シンプレクス・ホールディングス | 2013年10月15日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 8915 | タクトホーム | 2013年10月29日 | 東証1部 | 飯田グループホールディングスの完全子会社化 |
| 8895 | アーネストワン | 2013年10月29日 | 東証1部 | 飯田グループホールディングスの完全子会社化 |
| 8880 | 飯田産業 | 2013年10月29日 | 東証1部 | 飯田グループホールディングスの完全子会社化 |
| 8875 | 東栄住宅 | 2013年10月29日 | 東証1部 | 飯田グループホールディングスの完全子会社化 |
| 3274 | アイディホーム | 2013年10月29日 | JQスタンダード | 飯田グループホールディングスの完全子会社化 |
| 3268 | 一建設 | 2013年10月29日 | JQスタンダード | 飯田グループホールディングスの完全子会社化 |
| 7503 | アイ・エム・アイ | 2013年11月11日 | JQスタンダード | 株式の全部取得 |
| 6443 | 東洋製作所 | 2013年11月26日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 2451 | メディアクリエイト | 2013年11月26日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 9949 | タイヨー | 2013年11月27日 | 東証2部 | 清和産興の完全子会社化 |
| 2419 | 日本ＥＲＩ | 2013年11月27日 | 東証1部 | ＥＲＩホールディングスの完全子会社化 |
| 9541 | 大多喜ガス | 2013年12月26日 | 東証2部 | Ｋ＆Ｏエナジーグループの完全子会社化 |
| 1661 | 関東天然瓦斯開発 | 2013年12月26日 | 東証1部 | Ｋ＆Ｏエナジーグループの完全子会社化 |