| コード | 銘柄 | 廃止日 | 区分 | 廃止理由 |
| 8821 | 立飛企業 | 2012年1月12日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 5996 | 新立川航空機 | 2012年1月12日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 2738 | バルス | 2012年1月17日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 2355 | ＳＢＩネットシステムズ | 2012年1月27日 | マザーズ | ＳＢＩホールディングスの完全子会社化 |
| 9652 | 日本医療事務センター | 2012年2月8日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 8193 | 鈴丹 | 2012年2月16日 | 東証1部 | 事業活動の停止 |
| 4738 | 日立ビジネスソリューション | 2012年2月28日 | 東証1部 | 日立ソリューションズの完全子会社化 |
| 2478 | エムケーキャピタルマネージメント | 2012年3月8日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 7263 | 愛知機械工業 | 2012年3月16日 | 東証1部 | 日産自動車の完全子会社化 |
| 9382 | バンテック | 2012年3月19日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 6934 | 新神戸電機 | 2012年3月27日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 9234 | 国際航業ホールディングス | 2012年3月28日 | 東証1部 | 日本アジアグループの完全子会社化 |
| 8574 | プロミス | 2012年3月28日 | 東証1部 | 三井住友フィナンシャルグループの完全子会社化 |
| 7563 | 日発販売 | 2012年3月28日 | 東証2部 | 日本発條の完全子会社化 |
| 6665 | エルピーダメモリ | 2012年3月28日 | 東証2部 | 会社更生手続き |
| 3829 | セルシス | 2012年3月28日 | 東証2部 | アートスパークホールディングスの完全子会社化 |
| 3332 | ＪＦＥ商事ホールディングス | 2012年3月28日 | 東証1部 | ＪＦＥ商事に合併 |
| 6437 | 三條機械製作所 | 2012年4月23日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 3812 | ゲームオン | 2012年4月24日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 3311 | アップガレージ | 2012年4月24日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 2409 | ネクストジャパンホールディングス | 2012年4月25日 | マザーズ | Ｊトラストの完全子会社化 |
| 9667 | ホリプロ | 2012年5月1日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 6793 | 山水電気 | 2012年5月3日 | 東証1部 | 民事再生手続き |
| 8571 | ＮＩＳグループ | 2012年6月10日 | 東証2部 | 民事再生手続き |
| 6252 | ＴＡＩＹＯ | 2012年6月12日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 5276 | 石川島建材工業 | 2012年6月18日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 6321 | ＩＨＩ運搬機械 | 2012年6月19日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 3265 | ヒューリック | 2012年6月27日 | 東証1部 | 昭栄（ヒューリックに商号変更）に合併 |
| 3337 | サークルＫサンクス | 2012年7月19日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 9630 | アップ | 2012年7月20日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 3820 | ＪＢＩＳホールディングス | 2012年7月27日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 2893 | ローマイヤ | 2012年7月27日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 8809 | サンケイビル | 2012年7月30日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 5606 | 旭テック | 2012年7月30日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 8992 | グッドマンジャパン | 2012年8月27日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 6667 | シコー | 2012年9月11日 | マザーズ | 民事再生手続き |
| 8520 | きらやか銀行 | 2012年9月26日 | 東証2部 | じもとホールディングスの完全子会社化 |
| 8328 | 札幌北洋ホールディングス | 2012年9月26日 | 東証1部 | 北洋銀行に合併 |
| 3337 | サークルＫサンクス | 2012年7月19日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 8110 | ＪＦＥ商事 | 2012年9月26日 | 東証1部 | ジェイ エフ イー ホールディングスの完全子会社化 |
| 7757 | 日本電産サンキョー | 2012年9月26日 | 東証1部 | 日本電産の完全子会社化 |
| 6921 | 東光電気 | 2012年9月26日 | 東証1部 | 東光高岳ホールディングスの完全子会社化 |
| 6621 | 高岳製作所 | 2012年9月26日 | 東証1部 | 東光高岳ホールディングスの完全子会社化 |
| 5701 | 日本軽金属 | 2012年9月26日 | 東証1部 | 日本軽金属ホールディングスの完全子会社化 |
| 5407 | 日新製鋼 | 2012年9月26日 | 東証1部 | 日新製鋼ホールディングスの完全子会社化 |
| 5405 | 住友金属工業 | 2012年9月26日 | 東証1部 | 新日鐵住金の完全子会社化 |
| 5963 | 日立ツール | 2012年10月29日 | 東証1部 | 日立金属の完全子会社化 |
| 3722 | 日本ベリサイン | 2012年10月29日 | マザーズ | 株式の全部取得 |
| 1412 | チャイナ・ボーチー・エンバイロメンタル・ソリューションズ・テクノロジー（ホールディング）カンパニー・リミテッド | 2012年11月12日 | 東証1部（外国株） | 事業活動の停止 |
| 3432 | 三協・立山ホールディングス | 2012年11月28日 | 東証1部 | 三協立山に合併 |
| 2657 | インターニックス | 2012年12月3日 | 東証1部 | 株式の全部取得 |
| 2898 | ソントン食品工業 | 2012年12月10日 | 東証2部 | 株式の全部取得 |
| 5917 | サクラダ | 2012年12月12日 | 東証2部 | 破産手続き |
| 9427 | イー・アクセス | 2012年12月26日 | 東証1部 | ソフトバンクの完全子会社化 |
| 4747 | ｅ－まちタウン | 2012年12月26日 | マザーズ | 光通信の完全子会社化 |
| 3789 | ソネットエンタテインメント | 2012年12月26日 | 東証1部 | ソニーの完全子会社化 |